A Madagaszkár első részéből már megismerhettük Alex-t az oroszlánt, Mary-t a zebrát, Melmant a zsiráfot, Gloriát a vízilovat, no meg a riszálós Julien királyt Mauricet, valamint a katonás pingvineket. Ez a kis csapat az első részben New York-tól egy távoli szigetre kerültek egy baleset folytán, de lehet pont ez volt nekik jó, mert kikapcsolódásra vágytak. A második részben a pingvinek felújítottak egy lezuhant gépet azzal a reménnyel haza tudnak menni de ezzel a géppel csak egy távoli szigetre kerülnek. Ezen a szigeten az állatkerti állataink először találkoznak vadon élő társaikkal. Miközben a gyökereiket keresik, hamar rájönnek, hogy mi is a különbség a betondzsungel és az afrikai vadon között. A régen látott rokonok, a romantikus vetélytársak és az ármánykodó vadászok ellenére is úgy tűnik, hogy Afrika nagyon “tutkeráj” hely de vajon jobb, mint hőseink otthona a Central Parkban?
